В 1916 году был основан Новороссийский исторический музей-заповедник. Изначально он задумывался как Музей природы и истории Черноморского побережья Кавказа. Музей был основан и развивался на добровольные пожертвования. После революции музей перешёл в ведение Городского Совета. В организации его работы принимали участие и пополняли его коллекции режиссер В. Мейерхольд и писатель Ф. Гладков. С 1921 по 1933 годы сначала хранителем, а затем заведующим музеем был Чайковский Георгий Федосеевич, автор многих статей о древностях Анапы и Новороссийска. К началу Великой Отечественной войны Новороссийский краеведческий музей был крупным научно-просветительным учреждением Кубани. Его фонды насчитывали около 7000 экспонатов, научно-историческая библиотека – 44 500 книг. Но после войны практически всё было утеряно. Да и как могло быть по-другому? Ведь и город был разрушен на 90%. С помощью учителя Алексаняна, только несколько ящиков с частью археологических коллекций и документального фонда музея, успели эвакуировать в Тбилиси. Музей начал своё возрождение с января 1944-го. В сентябре вернулись эвакуированные в Тбилиси экспонаты, а 7 ноября музей открылся для посетителей. В экспозицию вошли не только сохранившиеся экспонаты, но и собранные после освобождения города. К концу 1947-го, в фондах музея уже было 4435 экспонатов, в библиотеке – 200 книг. Сейчас же фонды музея насчитывают более 150 тысяч музейных предметов основного фонда. Они дают полноценную и разностороннюю картину истории развития Новороссийска и района, с момента первых поселений людей на этой территории до сегодняшнего дня. Археологические коллекции насчитывают более 25 тысяч предметов и продолжают пополняться благодаря ежегодным археологическим экспедициям отдела археологии музея-заповедника. Есть также коллеции изобразительных и письменных источников, вещевой фонд, документы по истории. В настоящее время Новороссийский исторический музей-заповедник - второй по величине музей Кубани.
